Всё началось с того, что один из сотрудников отдела занимающегося делами с истёкшим сроком уголовного преследования (в Японии - 15 лет) - Кирияма Сюитиро - решил завести себе хобби. Общими усилиями коллег хобби было найдено - расследовать преступления давно минувших дней. Теперь всем не до сна,

В Японию 1990-х годов прибывают люди из далёкого будущего и заявляют, что если Годзилла не будет уничтожен, то вскоре он станет причиной глобальной ядерной катастрофы. Для устранения такой угрозы они предлагают вернуться в прошлое и ликвидировать Годзиллу до его мутации в непобедимого динозавра.